Am 1. September 1939 überfielen die deutschen Truppen Polen. Der Zweite Weltkrieg hatte begonnen. Trotz der anfänglichen Erfolge der Wehrmacht blieb der Kriegsverlauf nicht ohne Folgen für das Genossenschaftsleben in Ulm. An Neubauten war ab 1940 nicht mehr zu denken. Es mangelte an finanziellen Mitteln, Baumaterial und zunehmend an Arbeitskräften.
Mit Zunahme der alliierten Luftangriffe, sah man sich gezwungen, in den Aufbau von Luftschutzkellern zu investieren. In zahlreichen Immobilien der ulmer heimstätte wurden in den Kellern betonierte Schutzräume eingerichtet. In der Blauflesch waren die Bunker durch Sicherheitstüren miteinander zu einem großen Quartiersnetzwerk verbunden. Im Falle der Zerstörung eines Gebäudes sollte es so möglich sein, durch ein anderes ins Freie zu gelangen.
Die zunehmenden Verluste der Wehrmacht können auch an den Mitgliederlisten der ulmer heimstätte abgelesen werden. Allein von Ende Juni bis Anfang August 1944 starben sieben Mitglieder
Die Gefahr eines verheerenden Luftangriffes durch die Alliierten war ab spätestens 1944 auch in Ulm zu erahnen gewesen. Die Gefahr war allgegenwärtig. Dies verdeutlichen die Unterlagen der Genossenschaft. Aus dem Vorstandsprotokoll vom 23. März 1944 erfahren wir von Schäden durch einen Tagangriff vom 16. März. An 19 Häusern waren zum Teil erhebliche Schäden an den Dächern entstanden. Zwei Mitglieder starben bei dem Angriff. In den frühen Abendstunden des 17. Dezember 1944 erfolgte der bis dato schwerste Angriff. Über 300 britische Bomber warfen binnen 27 Minuten rund 100.000 Bomben auf die Donaustadt ab. 707 Menschen starben. Darunter waren fünf Mitglieder der Genossenschaft.
Das über Jahrhunderte gewachsene Stadtbild war unwiederbringlich verloren. Die Zerstörungen waren so gravierend, dass in der Vorstandssitzung vom 30. Dezember noch keine endgültige Aussage über die Schäden an den Heimstätte-Immobilien getroffen werden konnte. Einen Monat später wurde das Ausmaß deutlich: 149 Wohnungen waren vollständig zerstört und 97 stark beschädigt. Weitere 174 Wohnungen waren mittelschwer und 454 leicht betroffen. Damit waren ca. 90% der Wohnungen zerstört oder beschädigt.
An ein geregeltes Genossenschaftsleben war in dieser Zeit auch nicht mehr zu denken. Bei der Vorstandssitzung am 12. Februar 1945 waren nur noch Otto Heim und Andreas Loy anwesend. Die Vorstände Kuchler und Lehmann waren an der Front. Das Protokoll der Sitzung beschreibt die Lage sehr bildlich: „Infolge der dauernden Fliegerangriffe und Aufforderung der Behörden zum Fortzug traten sehr viele Änderungen im Mietverhältnis ein. Eine geordnete Übersicht ist sehr erschwert, wenn nicht gar unmöglich."
